نشأت وزارة التربية والتعليم العالي بعد تسلم السلطة الوطنية الفلسطينية، مهام التعليم في فلسطين عام 1994. وفي عام 1996 أنيطت صلاحيات التعليم العالي بوزارة جديدة حملت اسم وزارة التعليم العالي والبحث العلمي، فيما ظلت الوزارة الأم تحمل اسم وزارة التربية والتعليم.  وفي تعديل وزاري على الحكومة الفلسطينية عام 2002 تم إعادة دمج الوزارتين في وزارة واحدة حملت اسم وزارة التربية والتعليم العالي.

تتولى الوزارة مسؤولية الإشراف على التعليم الفلسطيني وتطويره في مختلف مراحله، في قطاعي التعليم العام والتعليم العالي، وتسعى لتوفير فرص الالتحاق لجميع من هم في سن التعليم، وكذلك تحسين نوعية وجودة التعليم والتعلم للارتقاء به بما يتلاءم مع مستجدات العصر، وكذلك تنمية القوى البشرية العاملة في القطاع التعليمي، من أجل إعداد المواطن الفلسطيني المؤهل، والقادر على القيام بواجباته بكفاءة واقتدار.

حرصت وزارة التربية والتعليم العالي الفلسطينية، منذ توليها قيادة دفة التعليم، على النهوض بالعملية التربوية، وبذلت جهوداً كبيرة في هذا المجال، وسط ظروف سياسية صعبة، فقد تحملت عبئاً كبيراً، وورثت تركة ثقيلة، وبنية تربوية شبه مدمرة، خلّفها الاحتلال الإسرائيلي، وأخذت على عاتقها أن تنجح، ووضعت ذلك نصب عينيها هدفاً للتحقيق.

وحين نتحدث عن إدارة شؤون 1.1 مليون طالب وأكثر من 50 ألف معلم، والإشراف على قرابة 2000 مدرسة وعشرات الجامعات والمعاهد العليا، والانطلاق في مشروع كبير تمثّل ببدء تطبيق أول منهاج فلسطيني، والبدء بتطبيق خطط تطويرية شاملة للنهوض بالتعليم الفلسطيني وتوفيره للجميع، وتحمل عبء التزايد الحاصل في عدد المواليد، الأمر الذي يجعلنا في سباق متسارع لبناء المزيد والعديد من المدارس لحل المشاكل الناتجة عن الاكتظاظ في الصفوف الدراسية، فإننا نطمع في مدّ يد العون لنا ومساندتنا محلياً وعربياً ودولياً، لتخطّي الصعاب والوصول إلى الهدف السامي والنبيل، وتوفير أجواء التفاؤل والأمل لجيل فلسطيني واعد، ينشد العلم والحياة بحرية وأمان.

ولأن الوزارة تدرك مدى أهمية تطوير التعليم العام وتحسين نوعيته، ومدى أهمية تحقيق معايير الجودة فيما يتعلق بالتعليم الجامعي، فقد عملت جاهدة على تدريب المعلمين وتأهيلهم، لخلق قاعدة تربوية قادرة على الأخذ بيد أطفال فلسطين نحو مجريات العصر الحديث، عصر المعلومات المتسارعة والتكنولوجيا الحديثة، فعملت على إدخال الحاسوب إلى المدارس، وتم ربط بعض هذه المدارس بشبكة الإنترنت، وفي استمرار لهذه الجهود تبنت خطة لتدريب جميع المعلمين الفلسطينيين في دورات مستمرة لرفع كفاءتهم وأدائهم، وتعمل حالياً على تنفيذ استراتيجية تدريب وتأهيل المعلمين بالتعاون مع الجامعات.

وضمن جهودها الرامية إلى إيجاد بنية تحتية في المجال المهني والتقني، فقد تبنت الوزارة استراتيجية أيضاً تشمل تطوير نظام التعليم والتدريب المهني والتقني والمصادر البشرية وتطوير الموارد المادية والمناهج والأنظمة والتشريعات المتعلقة بهذا القطاع.

وتدرك الوزارة أن دربها طويل وشاق، غير أنه بالعزيمة والتصميم والمثابرة والإرادة، سيحفل بالإنجازات، وسيفضي إلى نهاية مشرقة ومشرّفة.

وفي عام 2002، دمجت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي مع وزارة التربية والتعليم في وزارة واحدة، وبعد عام أُعيد تفعيل مجلس التعليم العالي لرسم السياسات العامة، وكذلك تم تفعيل مجلس البحث العلمي لرسم السياسات البحثية ضمن إطار مؤسسات التعليم العالي، وتم إنشاء هيئة الاعتماد والجودة لترخيص وتقييم واعتماد مؤسسات وبرامج أكاديمية جديدة وقديمة، إضافة إلى إنشاء صندوق إقراض الطالب، لمساعدة الطلبة في تغطية نفقات تعليمهم.

وفي عام 2012، أُعيد فصل وزارة التعليم العالي عن وزارة التربية والتعليم، واستمرت بتنفيذ كافة أعمالها وتطوير برامجها ووسائل إشرافها وفق خطتها المتوسطة المدى 2011-2013 من خلال مجالسها وهيئاتها وإداراتها العامة وفريق الوزارة الفني والإداري لمواجهة التحديات العديدة وتذليلها وتحقيق رسالتها وتقديم أفضل الخدمات ذات الصلة للمجتمع الفلسطيني.

وفي عام 2013 إعيد دمج وزراة التعليم العالي مع وزارة التربية والتعليم في وزارة واحدة، في حين أعيد فصلهما عام 2019 إلى وزارتين.